Nowy Jork mapuje genom koronawirusa, aby pomóc w śledzeniu przyszłych epidemii

Gitara Alligera Jerry'ego Garcii mogła sprzedać za 400 000 $ na aukcji w Los Angeles

[ad_1]

NOWY JORK (Reuters) – Naukowcy z wydziału zdrowia w Nowym Jorku zaczęli analizować materiał genetyczny nowego koronawirusa, aby umożliwić im prześledzenie początków przyszłych epidemii w nadchodzących miesiącach, gdy ostrożnie starają się ponownie otworzyć zamknięte miasto.

Ich praca łączy podobne wysiłki z wieloma instytucjami na całym świecie, które sekwencjonują genomy próbek wirusów i gromadzą swoje wyniki w internetowej globalnej bazie danych, umożliwiając badaczom obserwowanie subtelnych różnic między próbkami w celu śledzenia rozprzestrzeniania się epidemii.

Dr Oxiris Barbot, komisarz ds. Zdrowia miasta, powiedział Reuterowi podczas wycieczki w tym tygodniu w Public Health Laboratory na Manhattanie, że sekwencjonowanie genomu może pomóc w stępieniu każdej drugiej fali infekcji w późniejszym roku.

„Możemy użyć tych informacji o odciskach palców, aby zrozumieć, czy te dodatkowe infekcje są spowodowane infekcjami, które były jeszcze tutaj w mieście, czy też zostały sprowadzone z innego miejsca” – powiedziała w wywiadzie, ubrana w maskę w kwiatowy wzór jej nos i usta.

Na dziewiątym piętrze laboratorium naukowcy w niebieskich strojach ochronnych i osłonach twarzy pracują nad sekwencjonowaniem w ciasnych pomieszczeniach, których drzwi są otynkowane ostrzeżeniami o zagrożeniach i zasadami bezpieczeństwa.

Koledzy na innych piętrach przeprowadzają testy diagnostyczne w kierunku COVID-19, potencjalnie śmiertelnej choroby układu oddechowego spowodowanej przez koronawirusa, na próbkach wysłanych ze szpitali miejskich bez własnego zaplecza testowego.

Głowice prysznicowe są osadzone w sufitach szarych korytarzy budynku i można je aktywować szarpnięciem sznurka, jeśli pracownik obawia się, że został skażony przez to, co studiuje.

Genom nowego koronawirusa składa się z pojedynczej, krótkiej nici kwasu rybonukleinowego lub RNA, charakterystycznej sekwencji genetycznych cząsteczek zasad, czasami opisywanych literami, których wirus wykorzystuje do porwania maszynerii komórkowej gospodarza i tworzenia kopii samego siebie.

Tylko cztery różne rodzaje liter tworzą ciąg RNA, określany przez genetyków jako c, u, a i g. Nowy genom koronawirusa ma około 30 000 liter, czyli niewiele w porównaniu z 3 miliardami liter tworzących DNA lub kwas dezoksyrybonukleinowy ludzkiego genomu.

Gdy wirus replikuje się w swoim hoście, może popełniać drobne błędy w transkrypcji, zmieniając sygnaturę genetyczną. Mutacje te, które można przenosić w kolejnych infekcjach, można wykryć w próbkach pobranych od pacjentów, aby stworzyć rodzaj genetycznego drzewa genealogicznego.

Po drugiej stronie ulicy od Public Health Laboratory naukowcy z Grossman School of Medicine na Uniwersytecie Nowojorskim, którzy sekwencjonowali próbki wirusa, wydedukowali, że wariant wirusa dominującego w Nowym Jorku – serce jednego z najbardziej śmiertelnych wybuchów na świecie – przybył za pośrednictwem Europa.

„To trochę jak praca detektywistyczna” – powiedziała w wywiadzie Adriana Heguy, jedna z naukowców z New York University.

Dzieli się swoimi wynikami z kolegami z całego świata za pośrednictwem niemieckiej bazy danych GISAID, która została stworzona w celu śledzenia odpływu i przepływu wirusów grypy. „Dzięki temu możesz znaleźć swój łańcuch transmisji” – powiedziała.

Urzędnicy ds. Zdrowia mogą wykorzystać tę wiedzę, aby ustalić, które środki są bardziej skuteczne niż inne i gdzie mogą znajdować się ich słabe punkty.

Chociaż większość mutacji jest trywialna i nie wpływa na zachowanie wirusa, Heguy i inni badacze pracują również nad zgromadzeniem wystarczającej liczby próbek, aby sprawdzić, czy istnieją różnice kliniczne obserwowane w różnych wariantach wirusa, a ich praca może pomóc w zaprojektowaniu szczepionki, która oferuje najszersza możliwa ochrona.

Reportaż Jonathan Allen i Hussein Waaile, redakcja Ross Colvin i Jonathan Oatis

.

[ad_2]

Source link